Page 45 - Multidisipliner Covid 19

SARS-CoV-2 Özellikleri ve Laboratuvar Tan›s›

5.5. Genomik Varyasyon

Salgının ilk evresinde COVID-19 hastalarından izole edilen SARS-CoV-2
genom dizilerinin son derece benzer olduğu pek varyasyon olmadığı
görüldü. Sonrasında yine suşlar arasında yüksek dizi benzerliği olduğu
(>% 99), ancak özellikle ORF8 bölgesinde (aksesuar proteinleri kodla-
maktadır) ve ORF3a bölgesinde birkaç değişken bölge olduğu belirlendi.
Diğer CoV’de de bu bölgenin korunmamış olduğu bilinmekteydi(34).
Genomlarının düşük heterojenliğine rağmen, SARS-CoV-2 genomunda -
biri ORF8’in kodladığı proteinde olmak üzere- Serin/Lösin varyasyonundan
sorumlu olan en az iki değişken genomik sıcak nokta bulundu. ORF8'de
84. amino asitte Serin’in Lösin’e dönüşmesine neden olan bu değişkenlik
amino asidin konformasyonunu etkileyebilecek bir Serin/Lösin
değişikliğine neden olmaktadır. Tang ve ark. izole ettikleri 103 SARS-CoV-
2 genomunun analizlerine dayanarak aynı bölgede genomik dizilimin
değişmesiyle iki ana S (Serin)ve L (Lösin) tipinin ortaya çıktığını bildirdiler.
Bu değişikliklerin virülansı arttırarak daha az virülan bir “S” soyu (clade)
ve daha agresif, daha hızlı yayılabilen “L” soyu oluştuğunu (toplumda
dolaşan suşlar arasında S soyu %30, L soyu %70 sıklıkta görülmektedir)
öne sürdüler (35). Ancak daha sonra bu iddia kanıtlarıyla başka araştırıcılar
tarafından reddedildi (36). Tüm dünyada izole edilen suşlar incelendiğinde
farklı soylar olduğu görülmekle beraber bu farklılıkların henüz klinik
veya hastalığın progresyonu üzerine etkisi olmadığı düşünülmektedir.
Yaşanan farklı klinik süreçlerin kişisel ve toplumsal farklılıklara bağlı
olduğu varsayılmaktadır (15).

Aslında bazı bölgeler değişime daha yatkın olsa da bu bölgeler için bile
ortalama virüsün evrilme hızının (1x10-3 - 1x 10-7 her bölge için/yıllık)
birçok RNA virüsüne benzediği hesaplanmıştır (yılda yaklaşık 30
mutasyon). Online veri tabanlarına izole edilen genom dizilerinin
eklenmesiyle güncel değişimler ve suşların dağılımı takip edilmektedir.
Güncel olarak yaklaşık 10 civarında (A1a, A2, A2a, A3, A6, A7, B, B1, B2,
B4) farklı soy dolaşmaktadır. Çinde ilk izole edilen suşlar B soyuna ait
iken, ülkemizde A2a soyu ve düşük oranda B soyuna ait suşlar
bulunmaktadır. Bu farklı soyların varlığı epidemiyolojik dağılımın tespiti
açısından anlamlı olsa da virüsün biyolojik davranışları açısından henüz
bir önem taşımamaktadır (23). Yine de RNA virüslerinin mutasyon ve

44